亚急性甲状腺炎的病因尚不是很明确，但是已有的证据都提示，可能是由病毒感染或病毒感染后变态反应引起的，很多研究表明，多种病毒，像柯萨奇病毒、腮腺炎病毒、腺病毒、流感病毒，都与亚急性甲状腺炎有关系，血液中也常常可以检出这些病毒的抗体。

但是甲状腺组织切片中，很少找到病毒包涵体或者培养出病毒，因此甲状腺本身的病变，可能并不是病毒直接侵袭所致，因为该病也可以发生于非病毒感染之后，可能与遗传也有一定的关系。