肺栓塞治疗的时间主要与肺栓塞发生的严重程度有关。 肺栓塞的主要治疗目标有挽救由于肺栓塞造成的危及生命的右心功能不全和梗阻性休克，肺血管再通，恢复肺组织灌注，防止肺栓塞的再次发生。

主要的治疗手段包括：呼吸循环功能支持、抗凝、溶栓、介入或手术清除血栓、放置下腔静脉滤器等。

一般的处理：高度怀疑或确诊是肺栓塞的患者，应该进行密切的监护，监测呼吸、心率、血压、静脉压、心电图及血气的变化，防止血栓再次脱落，要求绝对的卧床休息，并且注意不要过度屈曲下肢，保持大便通畅，避免用力。对于焦虑和惊恐症状的患者，应该给予安慰，并且适当地使用镇静剂。如果有胸痛者，可以给予止痛剂，对于有发热、咳嗽等症状，给予相应症状的治疗。为了预防肺部的感染和治疗静脉炎，可以使用抗生素。 并且要给予呼吸功能的支持治疗和循环功能的支持治疗，以及抗凝治疗。