代谢性酸中毒，主要引起心血管系统和中枢神经系统的功能障碍，慢性的代谢性酸中毒还可以引起骨骼系统的改变，对于心血管系统严重的代谢性酸中毒，能够产生致死性的室性心律失常，心肌收缩力减弱，以及对儿茶酚胺的反应性降低，这时候主要是室性的心律失常，会导致病人的心搏停跳以及心肌收缩力的减弱，和血管对儿茶酚胺反应性降低，这些都是可能引起血流动力障碍的，

第二个方面是抑制中枢神经系统的功能，在代谢性酸中毒时中枢神经系统的功能障碍，主要表现为肌肉的软弱无力，感觉迟钝，精神萎靡不振，以至于到了意识障碍，最后会引起呼吸中枢和心血管运动中枢的麻痹而死亡，

对于慢性的代谢性酸中毒，会引起骨质脱钙，在酸中毒时，并且会常常引起高钾血症，这些都是可能导致疾病加重，甚至病人死亡的一些原因。