肛门边上有小肉疙瘩的原因可能比较多，首先看肛门周围的皮肤，是否有皮肤本身的病变，比如肛门本身的皮赘，这种皮赘一般是皮肤的良性增生，进行局部的手术切除即可。

如果是疣状物，这和病毒感染有关，应给予一些抗病毒的药物，大多数病人便可以治愈。

除此之外，由于肛门位置的特殊性，一些肛门内的疾病，也可能表现为肛门边上有个小肉疙瘩，考虑是痔疮形成导致的，常见的是外痔，也叫炎性外痔，由血栓性外痔萎缩后所遗留导致的。发生原因和排便习惯相关，具体的病理学机制，包括静脉曲张学说，以及肛垫下移学说，病人会有明显的肛周不适、疼痛以及排便带血等症状，容易诱发局部软组织的感染，并出现瘙痒。

所以在平时注意肛门周围的卫生，坚持每天清洗，忌辛辣的食物，戒烟酒，适当的进行锻炼，改善肛周的静脉回流，必要时选择手术切除。  具体的疾病和治疗手段，由肛肠科医生进行判断。