脊髓炎的病因尚不明确，可能与感染和疫苗接种有关。脊髓炎大多发生于感染之后，大部分患者发病前有上呼吸道、胃肠道病毒感染的症状，比如感冒、腹泻等等。研究表明脊髓炎可能是病毒感染后所引起的自身免疫反应，比如病毒、细菌、螺旋体、立克次体、寄生虫、支原体等等病原体的感染，而不是感染直接导致的脊髓炎。极少部分脊髓炎患者在疫苗接种后发病，可能与疫苗接种引起的异常免疫应答有关，其引起的异常免疫应答反应与个体自身因素有关，绝大部分人疫苗接种是安全的。