结肠镜检查时是可以检查到部分肛门的，可以看到齿线上下附近局部的痔核，但是并不能完全将肛门局部的病变暴露出来，尤其是肛门括约肌周围的裂口或者是皮肤轻度感染，以及轻度的粘膜出血。

由于结肠镜的探头进入肠腔以后，会有一定的距离，所以结肠镜主要是检查结肠和直肠的病变为主，如果进行肛门检查可以选择肛门指诊配合肛门镜检查，检查的结果更加精确和专业性。 一般主要是针对痔疮、肛裂、肛门局部皮赘性外痔，或者是其他皮肤性疾病而进行的检查。