虽然大部分的结肠息肉属于良性息肉，但是结肠息肉一经发现以后，其最好的治疗方法还是通过手术切除，结肠息肉的手术切除方法主要是以电子肠镜下的射频治疗术为主。

怀疑恶变时或者息肉体积较大时，还需要将切除下来的息肉组织进行病理化验，来查看其病理性质。结肠息肉某些患者发生时，会有一定的家族遗传病史，或者是患者本身有多发性结肠息肉的体质倾向，需要每半年进行电子肠镜的复查。