小儿腹泻按照病因来分可以分为感染性和非感染性两大类，感染性因素主要是包括病毒、细菌、真菌、寄生虫，其中病毒感染和细菌感染是最常见的，病毒感染主要见于轮状病毒的感染，细菌感染主要是见于致病性、侵袭性、产毒性、出血性大肠埃希氏杆菌的感染，同时，还有其他的一些细菌的感染，比如空肠弯曲菌、沙门菌等。

肠道内感染也可以引起腹泻，比如患有上呼吸道的感染、肺炎、泌尿系感染等，因为发烧感染源释放的毒素，或者抗生素治疗引起抗生素的相关性腹泻，这些都可以引起腹泻，非感染因素主要包括饮食因素和气候因素两大类。