针对慢性肾盂肾炎的治疗，首先是要注意个人卫生，增强体质，这样才能够提高机体防御疾病的能力，另外还要鼓励患者多饮水、勤排尿，如果患者存在有尿路解剖或者功能异常，比如存在有尿路结石，尿路梗阻等情况下，配积极的进行手术治疗，尽量解除梗阻。

对于反复发作的慢性肾盂肾炎患者，强调抗感染治疗，应该通过尿细菌培养确定病原菌，抗生素的选择以选择最有效，其肾毒性最小，常用的药物有头孢菌素类、青霉素类等，可以采用两种药物联合应用的方法，疗程至少维持两到三周。另外，慢性肾盂肾炎患者如果合并有高血压、水肿的情况下，还要使用降压药物和利尿剂来控制患者血压，可以起到一定保护肾功能的作用。