怀孕40天B超应该能看到孕囊了。

如果B超看不到孕囊，要仔细的核对孕周，根据平时的月经周期，或同房时间以及抽血检查绒毛膜促性腺激素数值，来判断是否为怀孕40天。

如果是排卵受孕晚，推迟一周左右，从末次月经开始算，停经40天宫腔内也看不到孕囊。需要监测血绒毛膜促性腺激素数值看增长情况，来判断是否为宫内孕，生化妊娠或者宫外孕。当血绒毛膜促性腺激素数值大于3500u/L时，宫腔内还看不到孕囊，要考虑宫外孕。