胚胎停育的原因有胚胎自身染色体异常、女性内分泌失调、甲状腺功能异常、女性免疫抗体阳性、孕早期的病毒感染、孕早期口服药物或接触大量有害化学物质或者是射线，子宫内膜息肉、子宫内膜炎症、巨大的子宫肌瘤、生殖道炎症、精子畸形等。

当出现胚胎停育时，如果要查找原因，可以将刮出的绒毛做染色体基因检查，看是否胚胎染色体异常引起。女性在备孕期间要预防感冒，预防感染阴道炎，备孕时口服叶酸，预防胎儿神经管畸形。