腘窝囊肿唯一有效的治疗方式是手术治疗，手术治疗分为后方入路腘窝囊肿切除手术，和前方入路关节镜下腘窝囊肿切除术。后方入路腘窝囊肿切除手术，就是传统的手术治疗方法，从膝关节的后方切开皮肤、皮下组织，剥离腘窝囊肿的囊壁，结扎囊肿的蒂部，切除全部囊肿，然后将破裂的关节囊缝合。传统的手术方法切口比较大，损伤比较重，而且有一定的复发几率，因为不能够同时处理关节内的疾病，现在流行的是前方入路关节镜下切除手术，它不仅可以将腘窝囊肿切除，并且可以同时处理关节内的疾病，如关节腔的清理和半月板的处理，同时可以将单向膜瓣变成双向膜瓣，解除了形成囊肿的机制，复发率明显降低。