腘窝囊肿是不可以自愈的，腘窝囊肿是因为膝关节的关节囊后侧破裂，在腓肠肌内侧头和半膜肌之间形成单向膜瓣，导致关节液渗出，形成囊肿，它是膝关节内疾病在关节外的表现，一般都合并有膝关节的半月板损伤、骨性关节炎等疾病，膝关节内的疾病会导致膝关节内部的炎性渗出增多，关节腔的压力增大，关节屈伸活动的时候，会加大关节腔内的压力，会使关节液通过破裂的关节囊向后方流出，膝关节伸直时，关节囊会自行闭合，由于腘窝囊肿形成的这种特点，使它没有自愈的能力，必须要经过积极的治疗，才能够治愈腘窝囊肿。