红斑狼疮的病因到目前为止尚不十分明确，根据目前的研究，一般认为可能跟以下几个因素有关： 遗传因素，红斑狼疮患者具有家族聚集性，患者的直系亲属发病率较一般人明显升高，同卵双胞胎同患红斑狼疮的概率明显高于异卵双胞胎。此外，许多遗传易感基因也发现与红斑狼疮的发病有关。

除遗传因素以外，环境因素，包括紫外线，紫外线可引起细胞凋亡，引起抗原的暴露，还有某些病原体感染，比方说EB病毒、巨细胞病毒等，可诱发机体发生免疫紊乱。

此外，还有药物或化学试剂，比方说普鲁卡因酰胺、肼苯哒嗪、青霉胺等可激活人体免疫系统，诱发自身免疫反应。 除此以外，还有雌激素，红斑狼疮多发于育龄期妇女，妊娠可诱发红斑狼疮的发生。以上这些环境因素通过表观遗传机制，促进了红斑狼疮的发生与发展。