埋线双眼皮存在某些后遗症的发生，由于埋线的线结出错，埋线的过程中会损伤到上睑提肌的腱膜，导致重睑线变浅或消失，埋线线结如果埋置较浅，也可能发生线结外露。

同时由于上睑发生紧缩，局部可以触摸到异物感，皮下可以触摸到异物性的结节、由于带入了皮肤下的表皮，可以发生表皮样的囊肿、重睑线的不对称，损伤的上睑提肌腱膜发生上睑下垂。