胃肠系统的检查临床上有两大类，一大类是化验检查，比方病人有呕吐，可以做呕吐物的化验；病人有腹泻，可以做大便的化验；那么有时怀疑有胃肠道感染性疾病，可以做血常规检查。

还有一大部分是影像学检查，可以从嘴一直做到十二指肠，就叫上胃肠道的内镜检查，也就是胃镜，俗称胃镜检查。还有一种是从肛门进镜子，肛门进镜子一直做到回盲瓣，到小肠最后的20cm，就叫做电子肠镜检查.

也可以做消化道造影检查，就是喝进去钡在X光下去照，就相当看照片的底板，能看见它轮廓的改变，但是不能通过颜色来判断。