像感染性的肠炎，一般要针对病因消除微生物，针对病原微生物来进行治疗。

还有一类肠炎跟感染关系不密切，主要是自身免疫异常引起来的，就是临床常见炎性肠病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病，这种疾病往往需要进行长疗程有规划的治疗，可以用一些5-氨基水杨酸的药物，甚至激素治疗或者免疫抑制剂等这些来进行治疗。

还有一些肠炎找不到明确原因，但是就看着肠黏膜有充血、水肿，这种情况相对来比较好处理，可以用肠黏膜保护剂，过一段时间再进行复查，也许是一时性饮食不当，或者是着凉刺激引起来的肠炎。