结肠炎病因非常复杂，大概可以分成两大类，一大类是感染引起结肠炎，这种感染可以是病毒感染，也可以是细菌感染，也可以是寄生虫感染。

另一大类是非感染性结肠炎，非感染性结肠炎里面有一部分人跟免疫有关，叫做炎性肠病。炎性肠病主要包括溃疡性结肠炎和克罗恩病，这是结肠炎病因表现。

还有一些结肠炎找不到明确的原因，只是在做肠镜时看见肠道有一些炎症表现，或者是做病理时能看到淋巴细胞和单核细胞浸润。这种情况努力的找到它病因，如果实在找不着病因的情况下，也可以试验性的对这种结肠炎进行治疗。