大部分肛瘘是由直肠肛管周围脓肿引起，肛周的化脓性感染如治疗不及时，可能不断损伤肛周组织，就像在肛门周围「打洞」，时间长了，就有可能形成一个从肛周皮肤到直肠的通道，肛瘘就形成了。

肛瘘在手术后也会出现复发的可能，这是因为瘘管位于外括约肌深部以上、内口位于直肠、多个内口、手术未能找到内口等，这些因素可能导致手术无法完全切除病变，出现复发。