肠息肉的致病因素非常多，可能有感染、饮食、遗传等因素。如炎症性息肉就是由于各种原因导致的肠粘膜长期慢性炎症，引起的息肉样肉芽肿，又名假息肉。这种息肉多见于溃疡性结肠炎，慢性血吸虫病，阿米巴痢疾及肠结核等病的病变肠道中。腺瘤性息肉的发生可能与病毒感染有关。

肠息肉与饮食密切相关，与不健康的高脂肪、高蛋白、低膳食纤维的饮食结构密切相关。部分微量元素的缺乏也可能是息肉多发的原因，这其中锌、铁的缺乏在息肉的发生过程中可能起着重要的作用。 过度的饮酒也会发生结直肠腺瘤的高危因素。

另外，部分肠息肉有遗传倾向，具有家族集聚性，如家族性非息肉病大肠癌、家族性腺瘤性息肉病等。