早晨起来肚子痛，有可能是患者存在消化不良，肠蠕动过快，从而出现有肠痉挛的情况。

也不除外患者存在有肠道的器质性病变，比如克罗恩病，以及肠结核、肠伤寒、结肠恶性肿瘤等等。如果患者起床以后，肠蠕动过快，肠道没有那么通畅，就可能会出现有肚子痛的情况。

出现以上的情况，可以适当的使用按摩、热敷或者使用解痉止痛的药物给予治疗。同时还需要完善腹部的影像学检查，比如CT等等，严重的患者还需要进行电子肠镜的检查。