头疼分为原发性头疼和继发性头疼，而CT主要适用于继发性头疼疾病的诊断，比如脑出血、脑梗塞、颅内静脉窦血栓形成、脑炎、脑膜炎、颅内肿瘤等等。

而对于一些原发性的功能性头疼，CT是无法检查出来的，这类疾病包括偏头痛、紧张型头痛、丛集性头痛、神经性头痛等等。因此，当患者出现头疼的症状，可通过CT进行筛查，排除颅内的一些器质性病变，争取及早进行处理。而对于CT未见明显异常的头疼患者，应考虑为功能性头痛，这类患者多需要注意休息，改变不良的生活方式，多数头疼症状能够缓解。