儿童反复发烧肚子痛的原因比较多，有内科疾病也有外科疾病内科疾病，常见的是消化系统、呼吸系统、泌尿系统感染，可能会诱发胃肠功能混乱，出现肚子痛或者是伴有肠系膜淋巴结炎。

所以必须明确具体的感染的病原体，是细菌还是病毒或者是支原体，这样才能有效的选择针对性的药物进行抗感染治疗，缓解发热和腹痛症状。另外也要考虑一些外科疾病，如阑尾炎、胰腺炎或胆囊炎，这些也会导致儿童出现发烧和肚子痛，往往需要通过详细的体格检查和实验室检查，和影像学检查来进行鉴别。