如果患者戴着隐形牙套来进行牙齿矫正，在吃饭时是应当将其摘掉的。

如果不将隐形牙套摘掉，首先会影响患者的咀嚼功能，因为牙套本身的材质是塑料的，所以咀嚼功能会比较差。另外，由于长时间的咀嚼，还有可能导致牙套的损坏，使牙套磨损比较严重，从而失去矫正的效果。

另外患者除了在吃饭的时候需要摘下，喝一些带颜色的饮料也应当将其摘下，例如喝可乐或者喝咖啡，否则食物染色有可能会导致牙套变色，长时间也会影响牙套的美观，建议患者戴牙套应当遵照医嘱严格按照各项规定进行操作。