咽峡炎和扁桃体炎的区别主要在以下几点：首先发病的位置不同，咽峡炎发病的位置是在咽峡部，扁桃体炎发病的部位是位于扁桃体。其次致病的病原是不同的，咽峡炎临床上主要是病毒的感染，而扁桃体炎临床上主要是细菌的感染，或者是细菌和病毒的混合感染。 第三点，咽峡炎和扁桃体炎的症状是有区别的，咽峡炎临床上表现为局部的疼痛，咽峡部位有疱疹这样的粘膜损伤；扁桃体炎临床上主要表现为扁桃体肿大，表面的脓性分泌物等等。