咽峡炎临床上要就诊于什么科室，首先要看具体情况。

急性咽峡炎，如果患者是儿童，临床上主要是去看儿科进行对症处理，如果咽峡炎发生于成人，表现为急性的疱疹性咽峡炎，那么需要去呼吸科或者是感染科进行就诊。

对于慢性咽峡炎，伴有其他口腔局部的感染灶，比如有牙龈炎、牙周炎等感染病灶，或者有扁桃体炎等邻近病灶，那么需要到相应的科室，如口腔科、耳鼻喉科进行就诊。