牙齿里面有黑垢有两种可能，第一种可能是牙齿的一种外源性着色，附着在牙齿的外部，如果是由于长期进食带颜色的食物，就会在牙齿表面挂一层黑色的物质，这种情况是可以通过有效的刷牙或者是洗牙去除的。

如果刷牙或者是洗牙不能去除，那么这种情况的黑垢可能是牙齿龋坏引起的，牙齿龋坏之后，细菌感染牙体硬组织会出现一种黑色的外观，这种情况可以用钻去除感染的牙体组织，如果牙神经没有暴露的，可以直接进行牙齿的充填，也就是补牙，如果牙神经暴露了，需要进行牙齿的根管治疗。