肾囊肿的治疗分成两个方面，第一是处理肾囊肿的并发症，有极个别的情况下囊肿可能会破裂出血，这时需要使用止血的药物，另外，囊肿的患者也容易出现肾脏内的细菌感染，尿道口的细菌上行进入泌尿系统到达肾盂肾盏，因为有囊肿的存在，所以细菌容易藏在这些部位造成炎症反应，尤其是在出血的情况下，更容易出现尿路感染，发生腰痛，血尿，发烧等症状的时候，需要使用抗生素进行杀菌治疗，

第二，肾囊肿本身的治疗要看囊肿的大小情况，一般来说是囊肿体积很小，生长缓慢，不需要特别处理，但是囊肿直径超5厘米以上的时候，可以考虑穿刺抽液来缩小囊肿。