婴儿乳糖不耐受能否自愈，要鉴别是先天性的还是继发性的，如果是先天性的乳糖不耐受，则说明宝宝的自身肠道不能够生成乳糖酶，这样乳糖不耐受的症状就不能缓解。

而继发性的乳糖不耐受，如慢性腹泻或者感染引起的乳糖酶减少是可以恢复的，因为慢性腹泻导致的乳糖酶生成减少，但不代表失去了肠道正常分泌乳糖酶的功能，那么可以通过使用无乳奶粉或者避免接触含有乳糖的食物，来修复正常的肠道菌群，能够达到乳糖不耐受症状的。

另外如果有病毒感染，特别是轮状病毒感染诱发的乳糖不耐受，也是通过饮食的调理来促进肠道菌群的修复，使乳糖不耐受症状的缓解，所以乳糖不耐受治疗还是要因人而异，要早期鉴别是原发性还是继发性。