不同的靶向治疗，对于身体的副反应也是不同的，常用的靶向治疗的瘤肿中，如非小细胞肺癌应用靶向治疗后，常见的副反应为皮疹和腹泻；在胃癌中，针对HER-2基因扩增应用的曲妥珠单抗靶向治疗，对于身体常见的副反应为心脏毒性，表现为心慌和心功能的下降等。

在大肠癌中，应用贝伐珠单抗进行靶向治疗时，主要的副反应是出血和血压增高等；应用西妥昔单抗进行靶向治疗时，主要的副反应是腹泻等。