肚脐眼流水有臭味并不可以自愈，主要的原因包括以下几种情况：

第一种情况，有可能是肚脐周围形成了感染，那么这种情况需要进行有效的清创、抗感染治疗，包括形成脓肿之后也需要进行切开引流，这样才能够达到最终的治愈，单纯依靠自身的能力，是很少能够达到自己愈合的。

第二种情况，肚脐眼流水有臭味，往往是由于一种特殊的疾病，脐尿管瘘，也就是肚脐与腹壁下的一个脐尿管相通，未完全闭合，留有少量的尿液会出现异味的情况，这种情况也是需要进行手术治疗，否则很难达到自行愈合。