胃肠功能紊乱通过胃镜仅仅只能检查出胃是否有功能性疾病，或者是器质性疾病。

对于肠道的疾病需要做电子结肠镜的检查来检查，来明确诊断。通过胃镜检查发现患者为非萎缩性胃炎，那么就可能是胃的功能紊乱。如果肠道没有炎症、肿瘤、息肉等等疾病，大肠黏膜未见明显的病变，那么表示肠功能紊乱可能性就比较大。一旦患者出现胃肠功能的紊乱，需要口服一些药物进行治疗，比如肠道的双向调节剂马来酸曲美布丁，以及调节肠道菌群的药物——乳酸菌素片等等。

（药物的使用需在医师的指导下进行）