乳糖不耐受分为三种类型，原发性乳糖酶缺乏性的、继发性乳糖酶缺乏性的和先天性乳糖酶缺乏性的。

原发性乳糖酶缺乏是乳糖不耐受中最常见的一种类型，是受基因调控的乳糖酶活性降低，或者也可以称为乳糖酶持续性缺乏。

继发性的乳糖酶缺乏常常继发于各种肠道的感染、克罗恩病等疾病。先天性乳糖酶缺乏是基因原因造成的一类乳糖不耐受，非常罕见，但是病情非常严重，症状的严重程度根据个人酶缺乏的量和活性程度而不同。