药流后头疼建议还是去医院系统的检查一下比较好，可以做头部CT看一看有没有一些头部的器质性病变，如果排除了头部的一些器质性病变，考虑可能还是药物流产后药物的不良反应引起的，建议还是要咨询一下医生。

药物流产一定要在医生的允许下，吃药后在医院适当观察后，得到医生的允许才可以回家继续休息，不建议私自盲目用药自行流产，那样可能会造成阴道大量流血，甚至危及生命，影响以后的受孕。如果有进一步疑问，可以去医院进一步咨询医生，具体的要以医生的诊断和医嘱为准。