幽门螺杆菌治疗两周后还不舒服，很有可能是根除疗效欠佳所导致的，也有可能是吃了根除幽门螺杆菌的抗生素所导致的，比如甲硝唑、呋喃唑酮、克拉霉素、阿莫西林等等抗生素，都对胃粘膜有刺激作用，都有可能导致患者出现不舒服的情况。幽门螺杆菌感染的患者，治疗期间要吃一些容易消化的、清淡的饮食，以及吃一些富含维生素的新鲜蔬菜和水果，要避免吃辛辣、刺激性的食物，以及戒烟戒酒。