唇腭裂有一定的遗传因素，多见于在胚胎发育时期，尤其是前12周出现的一种畸形，遗传因素是主要的因素。有时是属于一种多基因的遗传，可在同一旁系亲属或者是直系亲属中发现类似的畸形，也就是说，一个家族有多人患有唇腭裂，所以说唇腭裂是通过大量的调查证据显示，和遗传有一定的关系。唇腭裂除了遗传因素的存在，也可能和营养因素等有关系，如果怀孕期间维生素缺乏也是会引起唇腭裂的，除此之外，唇腭裂也和药物、烟酒等因素有关，如果在怀孕期间进食了药物，或者是吸烟、酗酒，都会导致唇腭裂的发生。