慢性肾盂肾炎患者的病情迁延不愈，实际上损害的是肾小管、肾间质，可能会造成一些并发症。 患者容易出现夜尿的增多，尿比重、尿渗透压的下降，患者的并发症还包括容易出现贫血，因为促红细胞生成素这种激素就是在肾间质中产生的。当有间质性肾炎的时候，患者就容易因为缺乏促红细胞生成素而导致贫血。患者也容易出现高血压，肾脏疾病的患者往往因为水钠潴留以及肾素-血管紧张素-醛固酮系统的激活，导致血压升高，长期的慢性肾盂肾炎甚至可能会导致患者出现慢性肾功能衰竭。