多囊肾晚期的时候患者的临床症状分成两个部分，一是形态学的改变，到晚期的时候患者肾脏的囊泡非常多，体积很大，会造成肾脏的整个体积非常大，而且同时会伴有多囊肝，所以，腹腔内可能充满了增大的肝脏和肾脏，甚至有的患者大如怀孕，会挤压其他的脏器，比如压迫肠道造成便秘。

患者第二个临床的症状表现为肾功能衰竭引起的一些症状，比如这个时候患者一般会造成严重的肾功能衰竭，甚至尿毒症，可能会出现尿量减少，肢体的浮肿，出现贫血，造成乏力等。