肾结核造成的肾脏萎缩治疗上分成两个部分，第一，已经萎缩的肾脏部分是不可以恢复的，也就意味肾脏已经损失了一部分的组织，一部分的肾功能不能够恢复。但是这种肾衰竭可能会造成并发症，所以要针对并发症进行治疗，比如造成肾性贫血，需要使用降压药控制血压，造成肾性贫血要使用促红细胞生成素、铁剂等等一些药物。 另外，要针对肾结核本身进行治疗，虽然已经造成了一部分的肾脏组织的破坏，但是这种肾结核可能还仍然具有活动性，有活动性的肾结核还可能会进一步造成肾脏组织的破坏，所以如果患者存在肾脏结核的活动性，需要使用抗结核的药物。