95%以上的肾盂肾炎是细菌感染，剩下的一部分肾盂肾炎可能是真菌或者病毒的感染。

作为细菌感染的一种疾病来说，临床上主要需要使用抗生素进行杀菌治疗，一般要求选择能够在肾脏内达到比较高的药物浓度，对肾脏的功能影响比较小的药物，临床上常常选择第三代头孢菌素或者是喹诺酮类的药物。当然，根据药敏试验结果选择药物是最好的。在使用抗生素的同时，还可以配合多饮水，同时口服碳酸氢钠碱化尿液，也是辅助的治疗措施。

（药物需要根据具体情况在医生指导下使用。）