急性肾盂肾炎的主要临床症状是腰痛，发烧，血尿。能够导致血尿的其他的疾病，也应该作为急性肾盂肾炎的鉴别疾病。比如，慢性肾炎，泌尿系统肿瘤都能够导致血尿。这样的患者做尿常规，尿红细胞形态以及做泌尿系统彩超，这些检查可以作出鉴别诊断。腰痛的症状需要与泌尿系统结石相鉴别。泌尿系统结石的患者，这种疼痛可能会向会阴部放射。但是，就结石本身而言，一般不会引起发烧。做泌尿系统彩超可以发现结石，而急性肾盂肾炎做彩超一般是不会有结石。