一般来说肾萎缩本身不会导致腰疼，但是肾萎缩仅仅是一个疾病状态，并不是一个独立的疾病，各种肾脏疾病长期存在一直损害肾脏，最终会导致肾组织坏死、纤维化，会导致肾脏萎缩。

大多数的病因导致的肾萎缩不会有疼痛的症状，比如慢性肾炎、糖尿病肾病、高血压肾病等，这些内科系统的疾病造成肾脏的萎缩，意味着患者已经有严重的肾功能衰竭，但是不会有腰疼的症状。

但是如果患者存在其他的一些外科系统的疾病，导致的肾脏病变引起肾萎缩，这些外科性的病因导致腰疼的可能性是存在的，比如泌尿系统的结石、肿瘤也会逐渐损害肾脏导致肾萎缩，而结石和肿瘤这些外科性的病因本身可能会有腰痛的症状。