重症肌无力是一种自身免疫性疾病，很多重症肌无力患者合并有胸腺瘤。胸腺是人的一个非常重要的免疫器官，胸腺异常增生，可产生乙酰胆碱受体抗体。这种抗体通过体循环到达神经肌肉接头后，参与抗原抗体反应，从而导致重症肌无力的发生。

通过切除胸腺，可以祛除患者自身免疫反应的始动抗原，减少参与自体免疫反应的T细胞、B细胞和细胞因子。这种手术适合于伴有胸腺肥大和高乙酰胆碱受体抗体效价者，或者是伴有胸腺瘤的各种重症肌无力患者，以及年轻女性全身型重症肌无力患者，以及对胆碱酯酶药治疗反应不满意者。约有70%的患者，术后症状可以得到缓解，或是完全治愈。