肾脏囊肿一般很少会直接造成肾脏区域的疼痛，但是囊肿破裂的时候，往往会引起疼痛的症状，这种疼痛的症状还可能会伴随出血，因为有破裂必然伴随着毛细血管的破裂而引起出血，表现出血尿。

由于尿液中有血液可能会引起尿路感染，患者出现肾盂肾炎，往往还伴随有发烧，患者还可能会出现全身的炎症反应，比如肌肉酸痛、头疼、不想吃饭等临床症状。个别的情况下，出血可能会形成血凝块堵塞输尿管，引起尿量减少，造成肾积水。