虽然现在的医学已经发展到分子和基因水平了，但是其实非常多的现代疾病，其真正原因还没有完全清楚，这中间当然也包括漏斗胸。但曾经有医学上的例子表明，人类在探索漏斗胸原因上一直没有放弃过，曾经最早医学家认为引起漏斗胸原因可能是膈肌对胸骨正中间的向内向后牵拉导致，所以以前有一段时间，漏斗胸治疗方法就是把膈肌的黏连带松解掉，但是后来发现这个方法对小朋友并没有太好的效果，后来放弃了。

再后来，发现漏斗胸跟很多家族的基因有一定的关系，比如说马凡综合征（一种常染色体显性遗传性结缔组织病）和努南综合征（一种基因突变导致的遗传病）的家族中漏斗胸更多，但是也没有发现真正的在散发的漏斗胸家族中有明显的致病基因。

总之，现在认为漏斗胸的原因可能是跟两侧的肋软骨的发育、基因和后天性的其他的相关疾病，比如说喉软骨发育不良、患者的先天性隔疝修补术后的因素，这些都是可能引起漏斗胸的原因。但总而言之，漏斗胸的原因，目前医学家正在积极地探索。