褪黑素的副作用主要包括头痛、头昏、恶心、呕吐等神经系统以及胃肠道的反应，长期服用褪黑素，容易造成患者在白天出现精神疲乏、嗜睡、注意力和记忆力下降等副作用。

因此使用褪黑素治疗睡眠障碍，需要注意合适的疗程，如果患者的睡眠得到有效的改善后，应当及时的减少褪黑素的用量或者停用褪黑素，以避免长期服用褪黑素造成上述不良反应。

而褪黑素的禁忌症，主要是针对备孕的女性患者。由于褪黑素对于女性的排卵功能会造成一定的影响，因此如果准备备孕的女性应当避免服用褪黑素。在临床上常常将褪黑素与其他的镇静安眠药物联合使用治疗失眠，比如佐匹克隆、艾司唑仑等等。

（在医生指导下用药）