多囊肾的患者发低烧，往往提示存在病原体的感染，大多数情况下是细菌感染。

如果血常规中白细胞升高，降钙素原升高，或者C反应蛋白升高，这些指标往往提示存在炎症，患者需要使用抗生素进行杀菌治疗，要尽量避免对肾脏有毒性的抗生素，比如氨基糖苷类抗生素、万古霉素、两性霉素B等这些药物要尽量避免。

当然要明确感染的部位，尽量明确感染的病原体，比如患者有咳嗽，考虑可能是呼吸道感染，还需要做痰培养，来明确可能是什么细菌，根据药敏试验结果选择敏感的抗生素。