多囊肾的患者出现发烧，往往意味着存在感染，要结合患者的症状，来判断感染所在的部位。

比如患者发烧、腰疼、血尿，提示存在囊泡破裂出血，进而引起继发性的感染，这种情形往往需要选择经过肾脏代谢的抗生素，这样在泌尿系统内的药物浓度会比较大，比如喹诺酮类、三代头孢类抗生素，另外要注意避免选择对肾脏毒性大的药物，比如氨基糖苷类抗生素。

但是如果患者有咳嗽、咳痰，甚至咳黄痰，提示患者可能是肺部感染，当然也需要使用抗生素进行杀菌治疗。不管是哪一种情形的感染，如果患者体温超过38.5度以上，可以考虑使用退烧药。