对于IgA肾病的发病机制，目前医学上仍然不是十分清楚。从免疫病理学的检查来看，患者的肾小球系膜区沉积了大量的IgA这种免疫复合物，可能还会有其他的一些免疫复合物。 也可能会伴有补体的沉积。 这种疾病目前已知可能与免疫紊乱有关系，但是具体的发生过程。 医学上仍然阐明不是十分清晰，可能与IgA这种免疫球蛋白缺陷有关。