根管治疗过程中的疼痛反应有几种来源，最常见的是牙齿的牙髓性疼痛，牙神经没有完全的化脓坏死引起的疼痛反应，外界的冷热酸甜刺激或者是机械刺激，都会引起牙神经的疼痛反应。

第二个来源是在根管预备的过程中，将感染的物质推出了根尖孔，引起根尖区的疼痛反应，或者是根管封药之后，对根尖区的刺激都会引起牙齿的疼痛。

第三个来源是在根管充填的过程中，如果充填超出根尖孔，或者是牙齿充填之后，充填物过高也会引起牙齿的疼痛反应。